El antiguo Convento, data del siglo XVII, fundado en tiempos de Felipe III por el Capitán en las Colonias de América D. Andrés Lozano quien, a su muerte, dejó mil ducados para la fundación de un Convento de Mercedarios Descalzos.

        Fue adquirido por el Estado a resultas de la Ley de Desamortización y El regente del reino, General Espartero, acordó su destino a la docencia, primero como instituto “Juan de Avila” (7 de marzo de 1.843), que sería inaugurado el 1 de noviembre del mismo año  y más tarde como “Santa María de Alarcos” ”, hasta 1996. El centro docente estaba compuesto por dos edificios, uno con fachada a la calle Caballeros y otro más moderno que da a la calle de la Rosa.

        En 1998, Patrimonio del Estado cedió el inmueble completo a la Diputación de Ciudad Real, que tenía la intención de destinarlo a usos administrativos. Sin embargo, la Junta de Comunidades manifestó su interés por hacerse con la parte más antigua del edificio, la que da a la calle Caballeros, para destinarla a ampliación del Museo Provincial de Ciudad Real.

        Para que la Administración regional pudiera hacerse con esta parte del inmueble primero tenía que revertir al Estado, reversión que fue aprobada por el pleno de la Diputación en octubre de 2002 y, a partir de la cual, se iniciaron los trámites para segregar los dos edificios.

        Culminado la operación registral se ha podido firmar el acta de cesión del convento originario, que ocupa un solar de dos mil metros cuadrados y tiene casi tres mil quinientos de superficie construida.

        Primeramente se han realizado obras en las que han aparecido varias estructuras subterráneas en la planta baja del edificio. En concreto, han aparecido un sótano de veinticinco metros de largo, situado en el ala sur del edificio; un pozo, ubicado en el claustro; una cueva excavada en la roca; un colector, que podría pertenecer al antiguo huerto del convento, ubicado en la actual Plazuela de los Mercedarios, y un pequeño sótano sito al norte del claustro en la zona que ocupaban los baños del instituto. Cuatro de estas estructuras se van a conservar serán incorporadas al futuro museo.

        El museo se inauguró con la exposición “El arte en tiempo de Don Quijote” el 4 de Noviembre del 2005.